长期以来，在农业生产中，肥料的施用仍存在不科学的现象，导致无机肥施用过多，有机肥施用量不足，氮磷含量过高，钾和中微量元素肥料缺乏，土壤酸化，土壤肥力失调十分严重。化肥用量的增加，不仅使土壤肥力失调，而且还增加了农产品的生产成本，减少农民收入，破坏了生态环境。有机肥含有许多植物生长所需的营养，它的成份包括大量元素性的碳、氮、磷、钾、钠、钙、硫、镁；微量元素性的铁、锰、锌、铜及其它大量的微生物。土壤里的肥力是建立在腐殖质的含量上，有机肥就是用来补充腐殖质最主要的要素。增施肥有机肥，不但能提高化肥的利用率，减少施肥量，而且还能有效地预防病害的发生，减少打药次数，是生产绿色产品的好肥料。施用有机肥的好处究其原因可以归结为以下几点：
1、有机肥中还有大量的有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成。微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。微生物的菌体死亡后，在土壤中留下了很多微细的管道，这些微细的管道不但增加了土壤的透气性，而且还使土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，消除了土壤的板结。
2、有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工省钱，还无药物残留。
3、土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
4、有机肥中的有益微生物利用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其中含有大量的促生长类物质，如生长素，能促进植物伸长生长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使得果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。
5、有机肥中的微生物具有很强的生命力，在土壤中长期存活，固氮菌、解磷、解钾菌等微生物，可利用空气中的氮并释放土壤中不易被作物吸收的钾和磷，持续供给作物养分。所以有机肥还具有长效性。
6、化肥的利用率很低，只有30%-45%，也就是说，当施入100斤化肥时，实际利用的只有30-45斤。损失的化肥一部分分解释放到大气中，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用。当施入有机肥后，由于有益生物活动改善了土壤结构，增加了土壤保水保肥能力，从而减少了养分的流失。与此同时，有益微生物的解磷解钾作用，使实际利用的营养元素大大增加。所以施用有机肥，能使化肥的利用率提高到50%以上。