生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。

由于其中添加了枯草芽孢杆菌、解淀粉菌芽孢杆菌等有益菌种，可分解利用土壤中的植物残体，故通俗的又称为“菌肥”。生物有机肥营养元素齐全，能够改善土壤理化性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。

其中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成共生增殖关系，既抑制有害菌生长，又在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，促使有机物分解转化，直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。

连年施用可大大缓解连作障碍，减少环境污染，属环保型肥料。生产中，有机质含量在50%以上的生物菌肥一般推荐每亩施120～150千克作为基肥或追肥使用，可减少劳动力投入。