生物有机肥的特殊功能是通过特定微生物菌种的“特殊功能”来实现的，主要体现在促进植物生长、修复土壤、降解农药等方面。

1、 促进植物生长的功能主要是通过功能细菌在植物根部的定殖、生活和功能来实现的。这种效果通过功能性细菌产生促进植物生长的物质来体现。

2、 提高植物病害防治和抗病能力，改良土壤和施肥。在土壤中施用有机肥，有机质能够改善土壤理化状况和微生物特性，成熟土壤能提高土壤肥力和抗旱性，为作物生长提供充足的养分，疏松土壤为作物生长创造良好条件。

3、 为提高肥料利用率，有机肥含有养分，但相对含量小，释放缓慢，而化肥单位养分含量高，成分少，释放快。有机物质分解产生的有机酸也促进土壤和化肥中矿物质养分的溶解。有机肥与化肥相互促进，有利于作物吸收，提高肥料利用率。

4、 具有保水抗旱、土壤修复、农药降解等功能。

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