商品有机肥：不要使用以城市垃圾和污泥等为原料、或重金属超标以及未经高温或无害化处理的劣质有机肥。

粪肥：需要经过发酵腐熟后施用，同时应根据土质等情况，选择性施用，如黏性土应施用有机质含量高而矿质元素含量少的粪肥，如羊粪、牛粪等。

厩肥：同样要腐熟，新鲜厩肥含难分解的纤维素、木质素等，碳氮比较大，而氮大部分呈有机态，如直接用新鲜厩肥，会因微生物分解过程中吸收土壤养分和水分而与作物争肥。

饼肥：作追肥要腐熟后才能使用，直接施用要将饼肥充份粉碎后开沟施入，并稍离根系，以免发酵时发热灼伤根系。

绿肥：主要注意绿肥的品种特性、播种时间、翻压时期等，还有一点是绿肥可是需要适当施肥的，以达到小肥养大肥的效果。

此外，在施用有机肥时还应注意与无机肥、生物菌肥等的配合使用，以满足作物对营养的需求。在土壤问题严重及作物关健生长期，可配合使用微生物功能菌剂来壮大根系，改良土壤，增强作物营养。

虽然有机肥好处佷多，但也不可过量使用。过量使用有机肥会导致以下情况发生：烧苗、土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水等。

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