微生物肥料俗称细菌肥料，简称菌肥，是指一类含有活微生物的特定制，应用于农业生产中，能够获得特定的肥料效应。它是从土壤中分离出的有益微生物，经过人工选育与繁殖后制成的菌剂，是一种辅助性肥料。施用后通过菌肥中微生物的生命活动，借助其代谢过程或代谢产物，以改善植物生长条件，尤其是营养环境。作物生长所需的主要养分为氮、磷和钾，其中氮素营养是最重要的，用量最大。与施用化学氮肥相比，通过微生物固氮获取氮素营养供给作物则具生产成本低廉、利用率高、不污染环境等特点。施用后具体作用如下：

1、固氮作用

空气中有80%是氮气，其性质十分稳定，不能被植物直接利用，必须将氮分子转化成氨或形成其他氮化合物后，植物才能吸收。因微生物肥料中具有固氮酶，可将空气中的氮转化为氨，进而转化成谷氨酸和谷氨酸胺类，使作物能吸收利用，利用率高达90%以上。

2、解磷作用

解磷微生物在其生命活动中能产生有机酸，这些有机酸能分解和破坏矿物晶体，使被固定的磷素养分释放出来。使土壤中磷素养分得到充分利用，减少了被土壤固定量，促使作物获得更多的磷素养分。

3、解钾作用

解钾微生物可以在生长繁殖过程中分泌低分子量有机酸来分解钾素养分，另外，细菌本身的细胞组成含钾量就很高，其灰份中的钾含量高达33-43%，这种菌体内的钾在菌体死亡后游离出来也可被植物吸收利用。

4、刺激作物生长的作用

微生物菌体内存在着生长素物质“吲哚乙酸和赤霉素”能够刺激作物生长，特别是根系发育时可提高作物养分吸收能力，使作物生长发育加快。

5、防治作物病虫害的作用

功能性微生物的生长繁殖，可在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群或产生抗生素，分泌胞外溶解酶来抑制其它有害微生物的生长繁殖，对部分有害病原菌产生拮抗作用，从而减少了有害微生物的危害机会。

6、减少污染，改善生态环境的作用。

微生物肥料中的功能微生物，可增强作物的抗病能力减少农药用量，又能减少30%左右的化肥用量，从而可减少环境污染，改善生态环境，促进我国农业的可持续发展。

7、保水保肥改良土壤作用

由于化学肥料的长期使用，土壤中的有益微生物被大量扼杀，施用微生物肥料就是在人为地给土壤补充微生物，活化土壤。微生物在生长繁殖过程中会产生大量的次生代谢产物，这些产物可促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成使土壤变的疏松、绵软，水、气、热更加协调，从而，减少土壤板结，增强土壤保水、保肥、通气能力，可以吸收更多的钾、铵、镁、锌等营养元素，防止淋失。从而，促进根系发展，为农作物健康生长提供舒适的生长环境。

8、提高作物营养品质作用

由于微生物的活动均衡了土壤中养分的供应，防止了作物对氮素肥料的过量吸收，蛋白质、糖分、维生素含量提高，硝酸盐含量下降，作物品质明显改善，口味好，保鲜时间延长。据实验测定，施用微生物肥，可使产品中硝酸盐含量降低20%-30%，维生素C含量提高30%-40%，可溶性糖提高1-4度，可以有效改善蔬菜和果品的外观，提高氨基酸含量，降低重金属等有害物质含量。