鸡粪中含有大量的微生物有害病菌，绝对不能直接施用，一定要进行深度高温发酵。一定发酵的目的主要是两个，一是杀灭有害病菌，一是将未充分消化的物质进行有机质化，增加实际有机质的含量。
发酵主要分两种，一个是地面条堆发酵，一个是槽式发酵，，即将鸡粪堆积好之后，然后添加适量的发酵菌种（万分之一的用量）进行发酵，通常发酵的时间为10-15天。
经过深度发酵后的鸡粪，进行粉碎。粉碎后的鸡粪即可直接施用或包装进行出售，若需要做生物有机肥还要再添加生物性菌剂--功能菌。
制成商品化的有机肥料，即执行NY525-2012标准。按照这个标准，NPK的总含量必须大于或等于5%，有机质必须大于等于45%，水份小于等于30%，PH值在5.5-8.0。当然还有其他的要求，如五项重金属的含量不能超标，蛔虫卵死亡率和大肠杆菌值等都需要符合标准。
只有符合上述要求，都是合格的有机肥料。从外观上来说，商品有机肥料分为粉状和颗粒的两种。如果要生产成颗粒的商品有机肥料，还需要进行造粒，有机肥料的造粒生产设备一般采用圆盘造粒的比较多，包括计量设备，化验设备，搅拌设备，造粒设备，烘干设备，筛分设备，灌装设备，缝包设备。