在微生物分解所需的各种元素中，碳和氮是最重要的。碳氮比与堆肥温度有关，原料碳氮比高，碳素多，氮素养料相对缺乏，细菌和其它微生物的生长受到限制，有机物的分解速度就慢，发酵过程就长。如果碳氮比例高，容易导致成品堆肥的碳氮比过高，这种堆肥施入土壤后，将夺取土壤中的氮素，使土壤陷入“氮饥饿”状态，影响作物生长。若碳氮比低于20:1，可供消耗的碳素少，氮素养料相对过剩，则原料中的氮将变成氨态氮而挥发，导致大量的氮素损失而降低肥效。

为了使参与有机物分解的微生物营养处于平衡状态，堆肥碳氮比应满足微生物所需的比例（25～35）:1，粪便的碳氮比含量较低，应通过补加含碳量高的物料（如秸秆）来调整碳氮比。以含水率75% 的鸡粪为例，按重量比，添加秸秆的比例大约为鸡粪：秸秆=5:1。