有机肥料堆肥的发酵过程一般需要45-60天。这是因为堆肥初期的升温阶段和高温阶段会杀死植物病原菌、虫卵、杂草种子等有害微生物，但这一过程中微生物的主要作用是代谢和繁殖，只产生少量代谢产物，这些代谢物不稳定，不易被植物吸收。在冷却后期，微生物会腐殖有机物，产生大量有利于植物生长和吸收的代谢物。这个过程需要45-60天。

通过这个过程堆肥可以达到三个目的：第一，无害化；二是腐殖化；第三，它产生大量微生物代谢产物，如各种抗生素、蛋白质等。

加热阶段、高温阶段、冷却阶段、成熟和保温阶段

有机堆肥的发酵过程简单，可分为以下四个阶段

加热阶段

在堆肥的早期阶段，堆肥中的微生物主要是中温菌和好氧菌，最常见的是无孢子菌、孢子菌和霉菌。它们启动有机肥堆肥发酵过程，在有氧条件下剧烈分解易分解的有机物（如单糖、淀粉、蛋白质等），产生大量热量，并不断将堆肥温度从约20℃提高到40℃，称为加热阶段或中温阶段。

高温阶段

随着温度的升高，嗜热微生物逐渐取代中温物种并发挥主导作用。气温持续上升，一般在几天内达到50℃以上，进入高温阶段。

在高温阶段，嗜热放线菌和嗜热真菌成为主要物种。它们强烈分解堆肥中的复杂有机物（如纤维素、半纤维素、果胶等），蓄热，堆肥温度上升到60-70℃，甚至高达80℃。

大多数嗜热微生物也大量死亡或进入休眠状态（超过20天），这对加速堆肥的成熟起着重要的作用。不当堆肥的高温期很短，或者根本达不到高温，所以堆肥速度很慢，半年或半年以上都达不到半成熟状态。