（1）从提供养分角度讲：有机肥、化肥（单元素肥料、专用肥、复合肥）自身含有一定养分，可以直接供给农作物吸收利用，而生物肥主要是通过微生物的生命活动，以提高其它肥料利用率来达到肥效；
（2）从养分含量角度讲：化肥养分含量高，有机肥含量低，而生物肥基本不含养分或微含养分；
（3）从肥效角度讲：化肥见效快但作用时间短，养分利用率低，有机肥见效相对较慢但作用时间长，养分利用率高。生物肥见效稍慢但作用时间长久，只要微生物活着就有效果，微生物活性越强肥效越高；
（4）从无公害、食品安全、环保角度讲：政府提倡、专家呼吁加大有机肥、生物肥投入量以减少化肥使用量，减少环境污染。同时还可以减弱硝酸盐、亚硝酸盐的转化过程，使生产的食品更安全，达到无公害、绿色食吕标准。
1.改良土壤、培肥地力。有机肥料施入土壤后，有机质能有效地改善土壤理化状况和生物特性，熟化土壤，增强土壤的保肥供肥能力和缓冲能力，为作物的生长制造良好的土壤条件。     2.增加产量、提高品质。有机肥料含有丰富的有机物和各种营养元素，为农作物提供营养。有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质。

    3.提高肥料的利用率。有机肥含有养分多但相对含量低，释放缓慢，而化肥单位养分含量高，成份少，释放快。两者合理配合施用，相互补充，有机质分解产生的有机酸还能促进土壤和化肥中矿质养分的溶解。有机肥与化肥相互促进，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。