微生物菌种菌剂有很多种分类，按微生物菌种菌剂中特定的微生物大致可以分为细菌、放线菌（比如抗生菌）、真菌（如菌根真菌类）、固氮蓝藻菌等。当然，还可以按微生物菌种菌剂的作用机理等进行分类。

微生物菌种菌剂是一种含有活微生物的特定制品，以微生物生命活动的过程和产物来改善作物营养件，发挥土壤潜在肥力，刺激作物生长发育，抵抗各种病虫害，从而提高作物产量和品质。它并不像一般的肥料那样，可以直接给作物提供养料物质。

1、按微生物菌种菌剂制品内含物可分为单纯的微生物菌剂和复合(或复混)微生物菌剂等.例如,鹤壁人元生物微生物菌剂属于真菌菌剂,固氮类菌剂和复合微生物菌剂。

2、按微生物菌种菌剂制品中特定的微生物种类分为细菌菌剂、放线菌菌剂(如抗生菌类)、真菌菌剂(如菌根真菌类)、固氮蓝藻菌剂等；

3、按微生物菌种菌剂作用机理分为根瘤菌类菌剂、固氮菌类菌剂、解磷菌类菌剂、解钾菌类菌剂；

从宏观角度来分析,微生物菌剂的作用主要是与营养元素的来源和有效性有关,或与作物吸收营养、水分和抗病有关,总的来说以下几个方面：

1、增进土壤肥力：这是微生物菌剂的主要功效，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和保护植物根免受病原微生物的入侵和土壤颗粒的损失。
2、制造和协助农作物吸收营养。

3、增强植物抗病和抗旱能力。

微生物菌种菌剂在作物生长所需的养分有着举足轻重的地位，不仅为作物提供了生长所需的各种养分，微生物菌种菌剂也起到了抵抗病虫害的作用。