在有机肥发酵中，好氧好酵是非常重要的，严格的发酵过程中，透气性的好与坏直接影响到厌氧菌或好氧菌的繁殖。

好氧发酵温度高，厌氧发酵温度低；进入的空气越多，温度越高，反之温度越低；空气越多时，微生物繁殖越多，反之繁殖越少；菌体蛋白并非一定比植物蛋白好等等；由此再引申出以下结论：

1、以喂养动物为目的的发酵糟渣发酵中，应该尽量用厌氧发酵法（尽量压实压紧密封好），以避免产生高温高热的现象；以免损耗消化能代谢能，以及损失维生素等；

2、在发酵制作堆肥，以制作肥料为目的的发酵中，才需要采用好氧发酵，产生大量的热量和温度，来消耗掉物料中的能量，以免将来做肥料时，造成烧根；

3、越是疏松的发酵物料如（啤酒糟、统糠、麦麸米糠、带壳的酒糟、秸秆……），越容易在物料内部藏有空气，越容易发酵产热，发酵温度也较高；对于这些物料，必须用力压实压紧（作有机肥除外）；

4、鸡粪本身含非蛋白氮比较多，真蛋白率比较少，所以，相对其他糟渣的发酵来讲，需要一定的好氧发酵，目的是适当繁殖微生物菌体，让微生物来同化非蛋白氮，成为菌体蛋白，提高真蛋白率。

5、如果一直有空气源源不断地进入物料中，进行持续的好氧发酵，则最终会把物料中所有的可利用的能量消耗殆尽，这对于做肥料来说是可以的（不会烧根），但对于发酵的目的是为了喂动物作饲料来说，则是灾难性的（能量是动物最重要的营养之一），是不好的。