有机肥生物菌种主要包括：芽胞肝菌和解磷解钾固氮菌。

芽胞肝菌（腊质芽胞肝菌）：解磷、解钾、疏松土壤、增加地力、促根壮苗（打破土壤板结、提高作物对肥料的利用率、增加干物质的积累）、早熟晚收（延长作物的采收期）。
解磷解钾固氮菌可将土壤中不被农作物吸收的无效钾和无效磷，转化为可被农作物吸收利用的速效钾和速效磷，同时释效土壤中硅、锰、锌、钼等多种元素，提高营养水平；解钾、解磷细菌在生命活动中产生赤霉素、细胞分裂素、吲哚乙酸等生物活性物质，可有效地刺激农作物生长发育。
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