土壤增施有机肥虽然好处多多，但由于有的农户施用不当，造成养分流失，甚至出现农作物中毒、烧苗、僵苗、降效等现象，不能发挥其应有的作用。
    未腐熟使用。如猪牛栏肥等厩肥，以及人粪尿未经发酵腐熟，直接施施入土壤，这些未腐熟的有机肥在土壤中经微生物分解发酵产生的氨易引起农作物中毒、烧根等，有的还会滋生杂草和传播病虫害。各地要推广在田边、地头建粪池（凼）发酵的做法。堆肥沤制要通过加水、压实或翻动、添加含氮量高的肥料，来调节空气、温度、湿度和碳氮比，促进有机肥快速腐熟。
    过于集中施用或施用浓度过大。这是旱地施肥比较普遍存在的问题。1998年新邵县严塘镇湖城村农民试种巴西稻时，把猪牛粪集中放入根蔸上。由于土壤持水量小，根周围肥料浓度过大，根系下扎触及肥堆，肥凼，引起旱稻生理失水，造成死苗，同时还加剧了地下害虫的危害。而未施猪牛栏粪的旱稻则安然无恙。这是因为肥料浓度过大致使旱稻吸不到水而萎蔫，或失水死苗。正确的方法是：栏肥作底肥，均匀地翻拌于土壤中，做到肥与土融为一体。
    晒干施用或施于土表。农村比较盛行将猪牛栏粪晒干后施用，或把猪牛粪施在旱土土表上，这是不对的。因为粪肥长期日晒雨淋，氮素损失殆尽，速效磷钾也流失大半，而且污染了环境。施入土壤的农家肥要翻埋在表土之下或加盖土壤，防止养分流失，也便于根系吸收。
    用肥量过大或碳氮比失调。猪牛栏粪、秸秆、绿肥，其纤维素（即碳素）含量多，氮素含量少。因此这些肥料施用量过大，易引起农作物前期缺氮造成僵苗不发。有机肥施用过多，氮素就会相对不够，微生物繁殖速度慢，肥料分解少，释放的氮素不足，而且还要与农作物争夺土壤中的有效氮，造成作物前期缺氮而生长较差。因此，作物施用有机肥不是越多越好。一般每亩施栏肥1000-1500公斤，或作物秸秆还田应控制在本田秸秆的1/3-1/2，或干秸杆200-300公斤，或绿肥1000公斤，并加入适量的碳铵或尿素，调节碳氮比，满足微生物的需要。