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随着畜牧养殖业的不断发展，规模化养殖场、养殖小区不断出现，大量的畜禽粪便随之产生。由于得不到及时、有效地处理，许多养殖场周边粪汤四溢，蚊蝇乱飞，恶臭扑鼻，严重污染环境，危及到广大农民的身体健康。另一方面，畜禽粪便是我国传统的有机肥料，养分齐全，有机质含量高，适量施用不仅可改良土壤，还可提高农产品品质与产量。由于农业生产长期大量使用化肥，使土壤有机质含量日益减少，土壤板结，养分流失，保水保肥性能下降，对土壤的污染也日趋严重，农业害虫的抗药性不断增强，已成为制约我国“三高”农业发展的重要因素之一。
近年来，许多科研院所和企业开展了大量的技术研发和推广工作，在引进、消化、吸收国外同类技术的基础上，已经初步形成能源环保、能源生态等模式的畜禽粪便综合利用技术，相应的配套设备、设施、产品技术也基本完善。高效、低耗的畜禽粪便处理技术也进一步得到完善和提高。可以预料，畜禽粪便的无害化、资源化处理和资源综合利用是今后我国畜禽粪便处理技术的发展方向，这也必将有利于我国农业可持续发展和农业污染的治理。
根据堆肥过程中微生物对氧气的需求情况，这里介绍好氧堆肥方法为例。通常好氧堆肥堆温高，一般在55～60℃左右，极限可达70-75℃，所以好氧堆肥也称为高温堆肥。
好氧堆肥原理是在有氧条件下，利用好氧微生物的作用来进行的。在堆肥过程中，畜禽粪便中的可溶性物质通过微生物的细胞膜被微生物直接吸收;而不溶的胶体物质，先被吸附在微生物体外，依靠微生物分泌的胞外酶分解为可溶性物质，再渗入细胞。
所谓的堆肥就是在人工控制下，在一定的温度、湿度、碳氮比以及通风的条件下，利用自然界广泛分布的细菌、放线菌、真菌等微生物的发酵作用，人为地促进可生物降解的有机物向稳定的腐殖质生化转化的微生物学过程，即人们常说的有机肥腐熟过程。
有机肥堆肥技术中好氧堆肥的过程，一般分为三个阶段。
首先是中温阶段。中温阶段也称产热阶段，是指堆肥过程的初期，堆层基本呈15～45℃的中温，嗜温性微生物较为活跃而且利用堆肥中可溶性有机物进行旺盛的生命活动。这些嗜温性微生物包括真菌、细菌和放线菌，主要以糖类和淀粉类为基质。
经过中温堆肥阶段后进入第二阶段，也就是高温阶段。当堆温升45℃以上时即进入高温阶段，在这一阶段，嗜温微生物受到抑制甚至死亡，取而代之的是嗜热微生物。堆肥中残留的和新形成的可溶性有机物质继续被氧化分解，堆肥中复杂的有机物如半纤维素、纤维素和蛋白质也开始被强烈分解。
然后进入堆肥的第三个阶段：降温阶段。在发酵后期，只剩下部分较难分解的有机物和新形成的腐殖质。此时微生物的活性下降，发热量减少，温度下降，嗜温性微生物又占优势，对残余较难分解的有机物做进一步分解，腐殖质不断增多且稳定化，堆肥进入腐熟阶段，需氧量也大大减少，含水率降低，堆肥孔隙度增大，氧扩散能力增强，此时只需自然通风。
经过好氧堆肥过程后，可达到经此过程的堆肥可以达到三个目的，一是无害化；二是腐殖质化；三是大量微生物代谢产物如各种抗生素、蛋白类物质等。
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