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除了堆肥辅料外，影响堆肥发酵效果的主要因素有：
1、有机质含量：研究表明，堆肥中合适的有机物含量为20%～80%。有机质含量低，发酵过程中所产生的热量将不足以维持堆肥发酵所需要的温度，并且堆肥肥效低；但过高的有机质含量又将为通风供氧带来影响，从而产生厌氧和发臭。
2、含水率：在堆肥过程中，按重量计，40%～65%的含水率最有利于微生物分解。水分超过70%，分解速度明显降低；水分低于40%不能满足微生物生长需要，有机物难以分解。
3、碳氮比：对于快速堆肥建议初始碳氮比为（20～40）∶1。如果原料碳氮比高，细菌和其他微生物的生长受到限制，有机物分解速度就慢，发酵过程就长，同时导致成品堆肥的碳氮比过高。
4、pH值：一般微生物最适宜的pH是中性或弱碱性，pH过高或过低都会对堆肥发酵不利。
5、温度：温度是影响微生物活动的重要因素之一。堆肥中微生物进行分解有机物的同时会释放出热量，这是堆肥温度上升的主要原因。
6、供氧：氧是好氧微生物生存的必要条件，供氧量的多少直接影响堆肥的效果。
7、堆肥垃圾的性质：堆肥垃圾的性质也会影响堆肥发酵效果，例如，某些物质可能会抑制好氧菌的生长，或者某些物质在堆肥过程中可能会产生有害气体等。
8、堆肥温度：微生物的活性受温度的影响很大，通常，堆肥开始时，中温菌经过一段时间的作用，使堆肥发酵温度达到50～65℃；在此高温下，堆肥只要5～6天即可达到无害化。
9、通风量：合理的通风可以提高堆肥产品质量，是好氧发酵的有效方法，不但可以提供氧含量，还可以去除多余水分、散热及调节温度。
以上这些因素相互交织，共同决定了堆肥发酵的效果。
