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长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成万能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥;另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。世界多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。 微生物肥料含有大量有益微生物，可以改善作物营养条件、固定氮素和活化土壤中一些无效态的营养元素，创造良好的土壤微生态环境来促进作物的生长。
纵览世界各国生物肥料菌种之种类，无外乎如下几类：
一是酵素菌类。酵素菌是一种复合型菌类，由细菌、酵母菌和放线菌等3大类构成。该种复合菌起源于日本，对分解有机物质具有明显的效果，通常被作为有机肥料的腐解剂，但不具备解磷、释放生理活性物质和抑制土传病害的功能。
二是根瘤菌类。该种菌类归属细菌类范畴，欧洲、中国比较常用。它可以通过自身的固氮功能，可以将空气中的氮素固定到根瘤中，再通过根瘤将氮素输送给豆科植物，对禾本科作物没有效果。该菌种生物功能性比较单一，不具备分解土壤有机物质、解磷及其释放生理活性物质的功能。
三是硅酸盐类解磷解钾细菌。由于该菌种严重退化，加之菌种自身功能的局限性，使用效果已明显降低。
四是芽孢杆菌类菌种。该菌种对植物的防病、抑病效果较好，但对分解和转化土壤中的有机物质、活化土壤中被固定态磷、释放植物生理活性物质效果不明显。
五是真菌类生物菌种。PPF促生真菌是一种青霉属类真菌。该种真菌通过其特有的内生与外生菌根，可以分泌多种酶类，这些酶类对土壤中有机物质的降解和被固定态磷酸盐的活化具有显著的效果可以明显提高根底土壤的养分库容。PPF促生真菌的代谢产物，可以有效抑制土壤中病原菌和病毒的生长与繁殖，净化土壤，减轻土传病害的发生。其菌根分泌大量的生理活性物质，例如：细胞分裂素、吲哚乙酸、赤霉素等，这些生理活性物质，可以明显提高植物的发根力和对某些中、微量元素的吸收能力，促进植物生长发育，增加抗旱、抗病、耐盐碱等抗逆性能。
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