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生物有机肥料的特殊作用是依靠具体特殊功效功能微生物菌种的“特殊功能”来实现的，而这种特殊功能主要表现在以下几个方面：促进植物生长、修复土壤、降解农药等。
一、促进植物生长作用主要通过功能菌在植物根部定植、生活并发挥作用。这种作用是通过功能菌产生促进植物生长的物质体现。
二、提高植物防病抗病能力，改良土壤、培肥，当有机肥施入土壤后，有机质能有效的改良土壤理化状况和微生物特性，熟化土壤增强土壤的保肥抗旱能力，为作物的生长提供了充足的养分，疏松的土壤为作物的生长创造了良好的条件。
三、提高肥料的利用率，有机肥含有养分但相对含量较少，释放缓慢，而化学肥单位养分含量高，成分少，释放快。两者合理配合施用，相互补充，有机质分解产生的有机酸还促进土壤和化学肥中矿物质养分的溶解。有机肥与化学肥相互促进，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。
四、保水抗旱、土壤修复、降解农药等功能。
