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有机堆肥的发酵过程简单可分为以下4各阶段
1、有机堆肥发热阶段
堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中温、好气性的种类为主，常见的是芽孢杆菌和霉菌。它们启动堆肥的发酵过程，在好气性条件下旺盛分解易分解有机物质（如简单糖类、淀粉、蛋白质等），产生大量的热，不断提高堆肥温度，从20℃左右上升至40℃，称为发热阶段，或中温阶段。
2、有机堆肥高温阶段
随着温度的提高，好热性的微生物逐渐取代中温性的种类而起主导作用，温度持续上升，一般在几天之内即达50℃以上，进入高温阶段。
在高温阶段，好热放线菌和好热真菌成为主要种类。它们对堆肥中复杂的有机物质（如纤维素、半纤维素、果胶物质等）进行强烈分解，热量积累，堆肥温度上升至60-70℃，甚至可高达80℃。随即大多数好热性微生物也大量死亡或进入休眠状态（20天以上），这对加快堆肥的腐熟有很重要的作用。堆肥不当的堆肥，只有很短的高温期，或者根本达不到高温，因而腐熟很慢，在半年或者更长时期内还达不到半腐熟状态。
3、有机堆肥降温阶段
当高温阶段持续一定时间后，纤维素、半纤维素、果胶物质大部分已被分解，剩下很难分解的复杂成分（如木质素）和新形成的腐殖质，微生物的活动减弱，温度逐渐下降。当温度下降到40℃以下时，中温性微生物又成为优势种类。
如果降温阶段来的早，表明堆制条件不够理想，植物性物质分解不充分。这时可以翻堆，将堆积材料拌匀，使之产生第二次发热、升温，以促进堆肥的腐熟。
4、腐熟保肥阶段
堆肥腐熟后，体积缩小，堆温下降至稍高于气温，这时应将堆肥压紧，造成厌气状态，使有机质矿化作用减弱，以利于保肥。
简而言之，有机堆肥的发酵过程实际上就是各种微生物新陈代谢、繁殖的过程。微生物的新陈代谢过程即有机物分解的过程。有机物分解必然会产生能量，这些能量推动了堆肥化进程，使温度升高，同时还可干燥湿基质。
一般来说，自然条件下，有机堆肥发酵过程15-20天可达到堆肥的无害化处理标准，45-60天才能完全发酵。人元生物公司研制的RW有机肥发酵菌剂为高科技微生物产品，由细菌、放线菌、丝状菌、酵母菌等多种菌株及相关酶类复配而成，好氧发酵，分解纤维素、分解蛋白质能力很强，同时能够迅速达到升温、除臭、除病虫害、杂草种子和富集养分的效果。不但缩短了有机堆肥的发酵时间，还大大提高了有机堆肥的发酵效果，增加了有机质，这使得有机堆肥的利用率大幅提高。
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