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化学肥料的应用，给农业生产带来了极大的增产效果。但随着用量的不断增大，使用时间的不断延长，化学肥料的负面影响也日益显现出来，如土壤板结、有机质含量低下、土壤微生物数量减少，保水保肥能力变弱，作物营养不平衡、易出现缺素症、环境污染严重等。随着人民物质文化生活水平的不断提高、科学技术的不断发展，人们对无公害食品、绿色食品、有机食品的呼声日益高涨，有机肥料、生物有机肥越来越受到人们重视，并且成为高产、优质农业，特别是有机农业所不可或缺的主要肥料品种。
综合有关研究与试验资料，生物有机肥具有如下几个方面的优点：
1、营养全面，肥效持久。
生物有机肥含有丰富的有机质、腐植酸、氨基酸和氮、磷、钾、钙、硫、镁、锌、铜、硼、锰、铁等，养分全面，是农作物的“全价肥料”。其中有机质、腐植酸、氨基酸通过微生物活动可以不断释放出植物生长所需营养元素和激素。对植物生长有调节作用，有促进根系发育、帮助营养元素的吸收，提高叶绿素含量，增强光合作用，达到速效长效相结合、促进农业稳产高产的目的。
2、疏松土壤、保水保肥。
生物有机肥含有大量有机质、腐植酸、可以改善土壤物理性状，防止土壤板结酸化、盐碱化，增加土壤团粒结构，从而使土壤疏松，有利于保水保肥、通气和促进根系发展，改善生物区系，使有益微生物有一个良好的生态环境。
3、增强植物抗病抗虫抗旱能力。
施用生物有机肥后，由于多种有益微生物菌在土壤植物根部大量生产繁殖，与植物病原菌竞争营养，从而抑制植物病原菌的生长，减少病原菌数量；产生各种酶类，溶解破坏植物病原菌细胞；产生抗生素直接抑制或杀死植物病原菌及某些害虫。腐植酸对植物某些病害也有一定抑制作用，尤其能适当控制作物叶面气孔的开放度，减少蒸腾，提高作物抗旱能力。
4、提高作物品质，降低硝酸盐及重金属含量。
当前硝酸盐的污染是国际上很重视的一个问题，是危害人体健康，产生环境公害的重要污染物之一。如何减少农作物中硝酸含量，施肥是最为关键的因素。实践证明，施用生物有机肥后，可明显降低农作物体内硝酸盐含量。
5、保护生态环境，保护土地资源。
生态农业是可持续发展农业的必由之路，但由于长期大量的使用化肥，造成土壤中有机物质严重不足，肥力下降，土壤板结，理化性状变坏，生态环境被破坏，农业的可持续性发展受到威胁。生物有机肥含有大量有机质、腐植酸，多种有益微生物菌，又含有氮、磷、钾及各种中微量元素，既保护和改善土壤环境，又为植物提供了各种营养元素。可使土壤的生物活跃，土壤疏松，农作物的根系发达，使作物能更多地吸收土壤中的养分，达到高产优质的目的。只有发展有机肥料，坚持用地养地相结合才能缓急相济，长短互补，标本兼治，实现农业高产稳产的目标。
6、为有机农业提供肥源。
有机农业不允许使用任何化学肥料和化学农药。生物有机肥以其天然性、高效性、多元性等多方面的特点，成为有机农业（或无公害农业、绿色食品农业）不可缺少的肥料品种。目前国内获准有机认证的有限的肥料品种，都是生物有机肥。
