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高品质有机肥生产须经过两个阶段：好氧发酵阶段和厌氧发酵阶段。
一、好氧发酵阶段：
好氧发酵是有机肥生产的初始阶段，主要通过5天以上55℃-70℃的高温作用降低生产原料（畜禽粪便、有机物料）的水分、消除恶臭、杀灭病原菌、蛔虫卵等有害生物、杀死杂草种子，通过好氧微生物的活动初步分解纤维、蛋白质、多糖等大分子有机物。
通过好氧发酵阶段肥料在生理生化指标上已经达到国标要求，法律上可以上市销售，但还不是真正的有机肥料，要成为真正的有机肥料还须经过厌氧发酵过程。
好氧发酵的作用：
1、消除恶臭；
2、降低水分；
3、杀灭病原菌、蛔虫卵、杂草种子等有害生物；
4、初步降解纤维素、蛋白质、多糖等大分子有物质。
二、厌氧发酵阶段：
原料经过好氧发酵阶段，在生理生化指标上可以达到国标要求，水分将得到30%以下。但此时肥料中的大分子有机物绝大部分还没有分解，如果使用，会因为大分子继续分解产生热量而发生“烧苗”的现象。
所以还须经过厌氧发酵阶段，在厌氧微生物的作用下可以将纤维素、蛋白、多糖等大分子有机物彻底分解成单糖、氨基酸等可被植物根系直接吸收利用的营养成分；在此过程中较重要的是腐殖酸形成，使有机肥真正成为富含氮磷钾、有机质、腐殖酸、中微量元素的全价肥料。
厌氧发酵作用：
1、将纤维素、蛋白、多糖等大分子有机物彻底分解成单糖、氨基酸；
2、腐殖酸的形成。
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