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微生物肥料的用量很小，很难单独均匀施用。在覆盖土壤之前很容易受到阳光的影响。在有风的日子里，它会被风吹走。微生物肥料可与有机肥混施，深施效果较好。它还可以与营养土壤混合用于蔬菜育苗，也可以在蔬菜种植过程中应用于孔洞或沟渠中。
微生物肥料的正常使用：
（1） 微生物肥料的效果会持续很长时间。由于生物细菌的强大生命力，一般肥料效率可达150~180天。一个季节只施用一次作物，就能满足作物一生生长发育的需要。
（2） 微生物肥料是一种活性细菌。它须埋在土壤中，不能涂抹在表面。一般应用于7~10cm深。由于微生物不会对作物的根系和种子造成任何损害，因此微生物肥料应靠近作物的根系，使其与作物的根系接触，以充分发挥微生物肥料的肥效。制作种子肥料时，在种子正下方2~3cm处施用；追肥时尽量靠近根系；在叶片表面喷洒时，应在下午3点后进行，并喷洒在叶片背面，以防止紫外线杀死细菌。
（3） 微生物肥料与其他肥料配合使用效果良好。微生物肥料是一种微生物含量高的生物制剂。施肥后需15～20天才能发挥肥效。大多数微生物在氮元素的作用下都能恢复。因此，施用菌肥时，应适当配合少量氮肥。一般每公顷施用25~30kg复合菌肥，根据不同条件施用45~75kg尿素和75kg磷酸二铵。如果与有机肥（每公顷80公斤商品有机肥）结合，可以加速土壤理化性质的改善，增加土壤有机质含量，提高微生物的活性。
（4） 保持土壤适宜的温湿度条件：微生物肥料可在土壤含水量30%以上、土壤温度10~40℃、pH值5.5~8.5的土壤条件下施用。当土壤持水量小于30%时，及时浇水，及时松土，保持土壤水分，提高土壤温度。
（5） 营养土的制备：一般取60kg牧区土（无农药污染的牧区土），添加30kg充分发酵分解的人、畜禽粪便，添加10kg复合菌肥，并可充分搅拌。营养土壤可用于农作物、蔬菜、瓜果、果树等的育苗。
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