堆肥发酵是一种通过微生物的分解作用，将有机废物转化为腐殖质的过程。在堆肥过程中，选择合适的微生物菌种是非常重要的。以下是一些选择堆肥菌种的方法：

1、了解本地情况：选择当地适应性最强的菌种，因为土著菌是最好的生物菌，经过千百万年的演化，它们最适合当地的气候和土壤。

2、选择复合菌种：好的堆肥发酵菌种并非单一的菌种组成，而是由多种菌种复合而成。各种菌种相互协作，才能完成有机物料的降解。比如，有产酸类微生物如乳酸菌，有降解蛋白、淀粉及纤维素的真菌，有些菌具有固氮的能力，有些菌具有解磷解钾的功效，有些微生物能够刺激作物根系生长，有些微生物能够侵染害虫，以害虫为营养生长繁殖。只有同时具备这些微生物的复合菌种才是堆肥优质的发酵菌种。

3、考虑堆肥发酵的目的：如果是为了提高堆肥的养分含量，那么可以选择一些特定的菌种，如EM菌种，它包含了多种有益微生物，可以抑制有害微生物，尤其是病原菌和腐败细菌的活动，促进植物生长。

4、注意菌种的来源：尽量选择来源清晰、正规的菌种，避免引入有害微生物。

5、试验验证：可以通过小范围的试验，验证不同菌种的效果，选择最优的菌种。

以上都是一些选择堆肥发酵菌种的方法，具体的选择需要根据实际的堆肥条件和目标来决定。