当前，无论是棚莱农业产区还是传统粮棉果种植带，畜禽厩肥直接施入田地中的现象十分普遍，且不说不法运输商户用废酸烧解和掺假现象，仅粪肥中的盐量和骨粉（贝壳粉）夹带的病菌虫卵也是经营户和农民朋友应该注意的。

开发当地有机肥源利大弊小。虽然近年来国家大力发展有机农业，引导低碳消费，但是由于农村劳动力价值逐年提高，打工经济不断发展，遍布乡村的秸秆（除直接还田外），人畜粪便，生活垃圾不能投入到大田之中，造成乡村环境问题加重，影响了居民生活。另外还有池塘沉积泥肥，河道草泥肥等都有待开发使用。
引进外地有机肥源应注意防假、防劣、防虫。近年来，一些蔬菜产区（包括冬暖棚、拱棚），因产值效益高，有机肥和化肥投入加大，不少冬棚一次投入每亩10余方，仅此一项投资千元以上，且连年投入。这其中的很多生鸡粪是从外地养殖区内购进的，难免在运输中掺假造劣，并带来病菌虫卵。大家知道，在畜禽养殖比较集中的地方，掺混饲料差异很大，尤其是骨粉，不少商家用贝壳粉掺混，其中夹杂着大量蜗牛卵粒，而在饲喂畜禽后产生的粪便中寄生繁殖传播，其他细菌、真菌、蚊蝇卵也在传播途中。因此，引进外地有机肥源必须做好以上“四防”，以减少不必要的投入。

施用具有一定生产资格和规模的工厂化有机肥。随着农业科技推广基础力量的不断加强，化肥价格越来越透明，一些农资经营者便引导农民合理使用化肥，增施工厂化有机肥。但是工厂化有机肥优劣混杂，农民真假难辩，加上一批批“忽悠团”助力，严重影响着正规生产厂家的有机肥销售和施用，侵害农民的生产投资利益。近年来国家支持供销社、农业部门、邮政系统建立了一大批遍布乡村的农资分销网络体系，并配合工商、质检、安检、商贸等部门加强监管，利于农民朋友投入有机肥和科学施肥。在深入乡村推广使用过程中仍差“一步”，需要政府的大力扶持以及提高农民的科学种植水平。

配合使用生物菌肥和杀虫剂。有机肥的施用需要充分腐熟，并添加适当的有益微生物和杀虫剂。秸秆肥在腐熟过程中容易产生地下害虫（蛴蜡、蝲蛄、金针虫），其他则容易产生盐害。而使用生物菌肥后可解磷解钾协调微量元素，增加土壤有机质。杀虫剂（如辛硫磷颗粒剂）对地下害虫有杀灭效果，另外配合使用正规厂家的各种专用肥料，避免伪劣假冒产品对农民利益的侵害，维护经营者和农户的共同利益，为有机肥健康有序发展作出贡献。