施用化肥会造成污染，使地力下降，加重水土流失和增加能量消耗。但施化肥对于永久性的果树来说是必需的，因果树吸收的矿质营养元素都必须是无机形态时方能为果树利用。植物吸收这些营养元素后通过光合作用形成各种有机物，供动物和人类利用。所剩余的有机质也必须通过腐生生物分解为无机形态后，方可被果树吸收利用。
    当有机质分解形成的矿质元素和来自岩石土壤、空气、雨水的矿质元素不能满足果树不断提高单位面积产量和质量需要时，合理增施化肥是完全符合自然规律的仿生栽培措施。这种措施基础一旦失去就会使果树生长失调，最终导致果树减产降质。土壤板结，土壤冲刷加剧的现象，并非完全因施用化肥引起，而主要是由于使用化肥后减少或不施有机肥以及灌溉不当所造成。在有机质充分归还土壤的前提下，即使长期施用化肥也不会因破坏土壤结构，而加剧水土流失。
    关于化肥施用后造成土壤环境污染的问题，其一是某些元素施用过量，如硝态氮过量施用就会产生NO2-，这可以从减少过量施用或者通过改善土壤结构加以调节解决。其二是在化肥生产中尽量减少有毒物杂质，如化肥中的镉等有毒物质，需要在制造中消除。在化肥的施用中，特别是氮肥，能量消耗多，这可通过利用菌肥来减少化肥用量，从而得以解决。

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